不要将所有文件都存放在根目录下。有网站制作者为了方便，将所有文件都放在根目录下。这样就很容易造成：文件管理混乱，搞不清哪些文件需要编辑和更新，哪些无用的文件可以删除，哪些是相关联的文件，影响工作效率；上传速度变慢，服务器一般都会为根目录建立一个文件索引，如果将所有文件都放在根目录下，那么即使只上传更新一个文件，服务器也需要将所有文件再检索一遍，建立新的索引文件，很明显，文件量越大，等待的时间也将越长。
按栏目内容建立子目录。子目录的建立，首先按主栏目建立。友情连接内容较多，需要经常更新的可以建立独立的子目录。而一些相关性强，不需要经常更新的栏目，例如：网站简介、站长情况等可以合并放在一个统一目录下。所有程序一般都存放在特定目录，例如：CGI程序放在cgi-bin目录，所有提供下载的内容也最好放在一个目录下，便于维护管理。
在每个主目录下都建立独立的Images目录。一般来说，一个站点根目录下都有一个默认地Images目录。将所有图片都存放在这个目录里很是不方便，比如在栏目删除时，图片的管理相当麻烦。所以为每个主栏目建立一个独立的Images目录是方便管理的。原因很简单，就是方便维护与管理。
其它需要注意的还有：目录的层次不要太深，不要超过3层；不要使用中文目录，使用中文目录可能对网址的正确显示造成困难；不要使用过长的目录，太长的目录名不便于记忆；尽量使用意义明确的目录，以便于记忆和管理。
网站的链接结构是指页面之间相互链接的拓扑结构。它建立在目录结构基础之上，但可以跨越目录。形象的说：每个页面都是一个固定点，链接则是在两个固定点之间的连线。一个点可以和一个点连接，也可以和多个点连接。更重要的是，这些点并不是分布在一个平面上，而是存在于一个立体的空间中。一般的，建立网站的链接结构有两种基本方式：
树状链接结构（一对一），这类似DOS的目录结构，首页链接指向一级页面，一级页面链接指向二级页面。这样的链接结构浏览时，一级级进入，一级级退出，条理比较清晰，访问者明确知道自己在什么位置，不会“不知身在何处”，但是浏览效率低，一个栏目下的子页面到另一个栏目下的子页面，必须回到首页再进行。
星状链接结构（一对多），类似网络服务器的链接，每个页面相互之间都建立有链接。这样浏览比较方便，随时可以到达自己喜欢的页面。但是由于链接太多，容易使浏览者迷路，搞不清自己在什么位置，看了多少内容。
因此，在实际的网站设计中，总是将这两种结构混合起来使用。网站希望浏览者既可以方便快速地达到自己需要的页面，又可以清晰地知道自己的位置。所以，最好的办法是：首页和一级页面之间用星状链接结构，一级和二级页面之间用树状链接结构。关于链接结构的设计，在实际的网页制作中是非常重要一环，采用什么样的链接结构直接影响到版面的布局。
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